Министерство природных ресурсов, экологии и технического надзора Кыргызской Республики отвечает за управление и охрану особо охраняемых природных территорий (ООПТ) страны, к которым относятся государственные природные парки и заповедники.
Эти территории созданы с целью сохранения уникальных природных комплексов, биоразнообразия, редких и исчезающих видов животных и растений.
Кыргызстан имеет обширную сеть ООПТ, среди которых:
Государственные природные заповедники:
Иссык-Кульский государственный заповедник: старейший заповедник, созданный для охраны водно-болотных угодий озера Иссык-Куль и зимующих здесь птиц;
Сары-Челекский государственный биосферный заповедник: известный своим высокогорным озером Сары-Челек, он является частью всемирной сети биосферных заповедников ЮНЕСКО;
Беш-Аральский государственный заповедник: расположен в Джалал-Абадской области;
Нарынский государственный заповедник: создан для сохранения лесных и высокогорных экосистем Внутреннего Тянь-Шаня;
Каратал-Жапырыкский государственный заповедник: включает в себя озёра Сон-Куль и Чатыр-Куль, являющиеся местами гнездования редких птиц, таких как горный гусь;
Падыша-Атинский государственный заповедник: создан для сохранения уникальных арчовых лесов;
Кулун-Атинский государственный заповедник;
Сурматашский государственный природный заповедник.
Государственные природные парки:
Национальный парк Ала-Арча;
Национальный природный парк «Кыргыз-Ата»;
Национальный природный парк «Каракол»;
Национальный природный парк «Беш-Таш»;
Национальный природный парк «Чон-Кемин»;
Национальный природный парк «Хан-Тенгири»;
Национальный природный парк «Саймалуу-Таш».